Ο θεσμός του Ακαδημαϊκού Συμβούλου Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΑΣΜΣ) του ΠΜΣ-Ατμοσφαιρικές Επιστήμες και Περιβάλλον λειτουργεί από την αρχή λειτουργίας του ΠΜΣ. Ο/Η Ακαδημαϊκός/ή Σύμβουλος Μεταπτυχιακών Σπουδών είναι κοινός για όλους/ες τους Μεταπτυχιακούς/ές Φοιτητές/ήτριες (ΜΦ) και ορίζεται να είναι ένα από τα μέλη της Συντονιστικής Επιτροπής του ΠΜΣ εκτός του/της Διευθυντή/τριας. Ο ορισμός του ΑΣΜΣ γίνεται στην αρχή κάθε ακαδημαϊκού έτους και για το ακαδημαικό έτος 2023-2024 είναι ο Αναπλ. Καθηγητής Χ. Λώλης.
Όλες οι λεπτομέρειες σχετικά με το χρόνο και τον τρόπο ορισμού του ΑΣΜΣ, την ενημέρωση των ΜΦ, το ρόλο και τις αρμοδιότητες του ΑΣΜΣ, καθώς και τη διαδικασία αντιμετώπισης δυσλειτουργιών από αυτόν και τις δράσεις που αναλαμβάνει για την αντιμετώπισή τους, παρέχονται στο σχετικό έγγραφο (βλ. στα Χρήσιμα Έγγραφα). Περιληπτικά, ο ΑΣΜΣ καθοδηγεί και υποστηρίζει τους/τις ΜΦ στο πρόγραμμα των σπουδών τους. Μέσω συναντήσεων που ορίζει, ιδίως με τους πρωτοετείς αλλά και με όλους τους ΜΦ, πληροφορεί τους ΜΦ σε θέματα των σπουδών τους και της μετέπειτα επαγγελματικής τους σταδιοδρομίας και διευκολύνει την ένταξή τους στον κύκλο Μεταπτυχιακών Σπουδών. Επίσης, καταβάλλει ιδιαίτερη υποστηρικτική φροντίδα για ΜΦ που αντιμετωπίζουν σοβαρές οικογενειακές, προσωπικές ή άλλες δυσχέρειες, οι οποίες εμποδίζουν την επιτυχή ολοκλήρωση των Μεταπτυχιακών Σπουδών τους. Τα μέλη του εκπαιδευτικού και διοικητικού προσωπικού υποστηρίζουν τον ΑΣΜΣ στο έργο του, ενώ κατά την άσκηση των αρμοδιοτήτων του ΑΣΜΣ δίνεται ιδιαίτερη προσοχή για την προστασία των προσωπικών δεδομένων των ΜΦ και την υποχρέωση της τήρησης της εμπιστευτικότητας, η οποία συνεχίζεται και με τη λήξη των καθηκόντων του/της ΑΣΜΣ.