Ένα μεγάλο μέρος των αποφοίτων του ΠΜΣ απορροφούνται είτε στον ακαδημαϊκό χώρο και στο χώρο της έρευνας, είτε σε δημόσιους και ιδιωτικούς φορείς που σχετίζονται με τις Ατμοσφαιρικές Επιστήμες (αεροπλοΐα, περιβαλλοντικοί φορείς, φορείς πρόγνωσης καιρού). Παραδείγματα φορέων στους οποίους απασχολούνται αυτοί οι απόφοιτοι του ΠΜΣ είναι η Πυροσβεστική Υπηρεσία, η Εθνική Μετεωρολογική Υπηρεσία, η Υπηρεσία Πολιτικής Αεροπορίας, ιδιωτικές εταιρίες πρόγνωσης καιρού κλπ. Οι υπόλοιποι απόφοιτοι απορροφούνται κυρίως στο χώρο της εκπαίδευσης, δεδομένου ότι αρκετοί από αυτούς είναι είτε φυσικοί, είτε μαθηματικοί και δευτερευόντως σε άλλες θέσεις του δημοσίου και του ιδιωτικού τομέα. Παράλληλα, ένας ικανός αριθμός των αποφοίτων ή φοιτητών/τριών του ΠΜΣ μεταβαίνουν στο εξωτερικό, όπου διεξάγουν ερευνητικό έργο με άριστα αποτελέσματα σε υψηλού επιπέδου πανεπιστημιακά και ερευνητικά ιδρύματα. Ένα ικανό μέρος των αποφοίτων του ΠΜΣ συνεχίζει τις σπουδές του για την απόκτηση Διδακτορικού Διπλώματος στην Ελλάδα ή το εξωτερικό σε αντικείμενο συναφές με τις ατμοσφαιρικές επιστήμες. Το σύνολο των Διδακτορικών Διατριβών που έχουν εκπονηθεί από αποφοίτους του ΠΜΣ παρέχεται στη σελίδα Απόφοιτοι (Διδακτορικές Διατριβές αποφοίτων ΠΜΣ). Η κατανομή της απασχόλησης των αποφοίτων του ΠΜΣ (στοιχεία του έτους 2022) παρέχεται στην παρακάτω εικόνα.