Το ΠΜΣ έχει στη διάθεσή του (διδασκόντων και μεταπτυχιακών φοιτητών/τριών) τις υποδομές και τον εξοπλισμό του Εργαστηρίου Μετεωρολογίας και Κλιματολογίας του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων, από το οποίο προέρχονται τα μέλη της Συντονιστικής Επιτροπής του ΠΜΣ και στους χώρους του οποίου λειτουργεί. Ο εξοπλισμός και οι διαθέσιμες υποδομές του ΠΜΣ είναι:
- Μετεωρολογικός σταθμός (στο campus του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων)
- Περιβαλλοντικός Σταθμός (στο κέντρο της πόλης των Ιωαννίνων)
- Συστοιχία ηλεκτρονικών υπολογιστών για την πρόγνωση καιρού (στο κτίριο Φ2 του Τμήματος Φυσικής του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων)
- Δορυφορικός Σταθμός, αποτελούμενος από δορυφορική κεραία λήψης δορυφορικών εικόνων Meteosat και αποκωδικοποιητή EUMETSAT για παρακολούθηση καιρού και έντονων καιρικών φαινομένων σε πραγματικό χρόνο (στην οροφή του κτιρίου Φ2 του Τμήματος Φυσικής του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων)
- Φασματοφωτόμετρο CIMEL για μέτρηση οπτικών ιδιοτήτων της ατμόσφαιρας (στην οροφή του κτιρίου Φ2 του Τμήματος Φυσικής του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων)
- Φοιτητικό εργαστήριο με διάφορα όργανα μέτρησης ατμοσφαιρικών παραμέτρων (στο Εργαστήριο Μετεωρολογίας κασι Κλιματολογίας, στον 3ο όροφο του Τμήματος Φυσικής του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων)
- 2 Αίθουσες διδασκαλίας (χωρητικότητας 25 και 8 ατόμων) εξοπλισμένες με σύγχρονα οπτικοακουστικά μέσα
- Αίθουσα σεμιναρίων/διαλέξεων και παρουσιάσεων (χωρητικότητας 25 ατόμων)
- Βιβλιοθήκη (στον 3ο όροφο του κτιρίου Φ2 του Τμήματος Φυσικής)
- Γραφεία μεταπτυχιακών φοιτητών (ικανός αριθμός γραφείων, στον 3ο όροφο του κτιρίου Φ2 του Τμήματος Φυσικής)
Στον Μετεωρολογικό και τον Περιβαλλοντικό Σταθμό υπάρχουν διάφορα όργανα, τα οποία δεν αναφέρονται ονομαστκά ένα-προς-ένα εδώ.
Υπάρχει ικανός αριθμός αριθμητικών/υπολογιστικών μοντέλων και αλγορίθμων, που σχετίζονται με την πρόγνωση καιρού (π.χ. ΜΜ5, WRF, WRF-Chem), διάδοσης ακτινοβολίας και ενεργειακού ισοζυγίου (radiative transfer models), ρύπανσης και οριακού στρώματος.