Στο ΠΜΣ γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι των Τμημάτων των Σχολών Θετικών Επιστημών, Περιβαλλοντικών Επιστημών, Πολυτεχνικών, Γεωπονοδασολογικών και Στρατιωτικών Σχολών των ΑΕΙ και ΤΕΙ της ημεδαπής και ομοταγών αναγνωρισμένων ιδρυμάτων της αλλοδαπής. Απόφοιτοι άλλων Τμημάτων μπορεί να γίνουν δεκτοί μετά από απόφαση της ΣΕ του ΠΜΣ. Η επιλογή των μεταπτυχιακών φοιτητών/φοιτητριών γίνεται έπειτα από προκήρυξη που αναρτάται στην ιστοσελίδα του Τμήματος Φυσικής και αυτήν του ΠΜΣ και υποβολή δικαιολογητικών, που αναγράφονται στην προκήρυξη, εκ μέρους των υποψηφίων και εξετάσεις που περιλαμβάνουν γραπτές εξετάσεις σε θέματα Γενικής Φυσικής, γραπτές εξετάσεις στην αγγλική γλώσσα σε θέματα ορολογίας σχετικής με το αντικείμενο του ΠΜΣ και προφορική συνέντευξη των υποψηφίων ενώπιον των μελών της ΣΕ του ΠΜΣ.
Μετά τις εξετάσεις γίνεται κατάταξη των υποψηφίων με βάση ένα βαθμό εισαγωγής, στον οποίο λαμβάνονται υπόψιν: ο βαθμός στην εξέταση Γενικής Φυσικής (40%), ο βαθμός πτυχίου (25%), ο αριθμός των συναφών με το ΠΜΣ μαθημάτων που έχουν παρακολουθήσει οι υποψήφιοι κατά τη διάρκεια των προπτυχιακών τους σπουδών (20%) και η προφορική συνέντευξη των υποψηφίων (15%). Πτυχιούχοι Φυσικοί με εξαιρετική επίδοση στο βαθμό πτυχίου (όπως αυτή καθορίζεται στην προκήρυξη) καθώς και κάτοχοι Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΜΣ) στη Φυσική ή σε συναφές γνωστικό αντικείμενο μετά από απόφαση της Συντονιστικής Επιτροπής του ΠΜΣ, γίνονται δεκτοί κατά προτεραιότητα άνευ εξετάσεων στη Γενική Φυσική και με την προϋπόθεση επιτυχούς εξέτασης στην αγγλική γλώσσα και παρουσίας στην προφορική συνέντευξη. Η λίστα κατάταξης διαβιβάζεται στη Γενική Συνέλευση του Τμήματος, η οποία και αποφασίζει την πρόσληψη των φοιτητών/τριών.